2018-2019 sezonunda TFF 3.Lig'de 52 Orduspor Futbol Kulübü'nün başına gelen ve sezona iyi bir başlangıç yapan Mustafa Özer, o dönem Yeni Orduspor’da ismiyle mücadele eden Ordu ekibinde ligin ilk 8 haftasını 5'ini lider tamamlamıştı. Ardından 3 maç üst üste kötü sonuçlar alınmasıyla birlikte yönetimin aldığı karar sonrasında 11.haftada bileti kesilen Mustafa Özer'in, geçen sezon Zonguldak Kömürspor'da teknik direktörlük yapmış ve daha sonra İran Ligi'nde Sanat Naft FC'de yardımcı antrenörlük yapmıştı.
Kariyerinde 52 Orduspor Futbol Kulübü'nde ayrıldıktan sonra Eskişehirspor, Ankaraspor, Bayrampaşaspor, Osmaniyespor Futbol Kulübü ve Zonguldak Kömürspor takımlarında görev alan Mustafa Özer bu takımlar arasında en fazla 21 maç ile Eskişehirspor'u çalıştırmıştı. Sanat Naft FC'de yardımcı antrenörlük yaptıktan sonra Türkiye'ye dönen Mustafa Özer 2024-2025 sezonunda Süper Lig'de Sivasspor'da Bülent Uygun'un teknik ekibinde çalışacak.
Sivasspor'da Bülent Uygun'un teknik ekibinde Mustafa Özer ile birlikte aynı zamanda Mehmet Yozgatlı da görev alacak.
